Родилась она в городе Мацумото, префектура Нагано. С самого детства она была одержима галлюцинациями и неконтролируемыми мыслями, часто ужасающего содержания. Она рассказывает, что в детстве пережила физическое унижение от матери. Рано или поздно это вылилось в самодеятельность, которой Яёй покрывала стены, асфальт, домашнюю мебель и все свободные поверхности.
Самым известным художественным объектом Кусамы стали «сети бесконечности», огромные территории, покрытые кругами разного размера.
В 27 лет она уехала из родного города в США. Она быстро создала себе репутацию лидера авангардного движения, организовывая встречи и художественные выставки в самых неожиданных местах (Центральный парк, Бруклинский мост), часто используя человеческую наготу, как главный экспонат.
В 1973 году с ослабевшим здоровьем она вернулась на родину. Но ее гений до недавнего времени все также заставлял ее постоянно ездить по городам мира, представляя во многих из них свои скульптуры и дизайны городских парков.